殼聚糖在酸性溶液中是不穩定的，會發生長鏈的部分水解，即糖苷鍵的斷裂，形成各種相對分子質量大小不等的片段，嚴重水解時則糖苷鍵完全斷裂，成為單糖——氨基葡萄糖。因此，早期的殼寡糖制備多采用酸水解方法，通過選擇酸以及控制酸水解的過程，獲得期望得到的分子量范圍的殼寡糖。
在上個世紀五六十年代，鹽酸和硫酸被用于殼聚糖的降解。Baker等早在1958年將殼聚糖溶解于鹽酸溶液中，在100℃條件下反應，制備低聚殼聚糖。鹽酸降解法工藝操作簡單，但降解條件較難控制，操作環境污染嚴重，降解產品主要為單糖和雙糖，活性較高的寡糖含量較低。鑒于強酸對殼聚糖的降解過于劇烈，有人提出用醋酸、亞硝酸及磷酸等較弱的酸對殼聚糖進行降解，但是該方法控溫比較麻煩，制備過程中污染也比較嚴重，且產率也不高。
氧化降解法是近年來國內外研究比較多的殼聚糖降解方法，其中的H2O2氧化降解因成本低、降解速度快、產率高、對環境友好等優點而倍受關注。H2O2降解法得到的產物分子量與反應條件密切相關。升高溫度和提高H2O2濃度既可縮短反應時間，又可以提高收率，但過高的溫度和過高的H2O2濃度使水解反應過度，產物中單糖和二糖的比例較大，寡糖收率降低；反應體系的pH值因影響殼聚糖的溶解情況，從而影響反應速度。隨著研究的深入，人們也發現了H2O2降解法存在的問題。其一是氨基的損失，溫度升高或反應時間延長，都會引起氨基含量迅速下降，即殼寡糖的結構發生了改變。其二是降解過程后期的褐變，溶液顏色變深，影響產品品質。
此外，人們也嘗試用一些物理方法降解殼聚糖，如利用加熱、加壓、微波、超聲、射線等物理方法。但這些物理方法降解效果差，很難得到聚合度為2個～10個單糖的殼寡糖。
生物降解法是利用酶降解殼聚糖制備殼寡糖的方法。該方法自20世紀80年代出現以來，得到了廣泛重視，國內外研究十分活躍。生物降解法同化學降解法相比具有明顯的優勢：一是反應條件溫和，對設備要求不苛刻，二是降解過程及降解產物相對分子質量分布易于控制，殼寡糖得率高，不造成環境污染；三是結合一些過程工程的技術，如固定化酶技術、超濾技術等，可以實現經濟的大規模的殼寡糖連續生產，因此酶降解法制備殼寡糖是最有前途的方法。
酶降解法有專一性酶降解法和非專一性酶降解法。專一性水解酶是利用以殼聚糖為專一性底物的酶，可以高選擇性地切斷殼聚糖的β-(1,4)-糖苷鍵，主要包括甲殼素酶、殼聚糖酶。專一性酶主要來源于細菌、真菌等微生物細胞，因來源有限，目前還不能大批量獲取，價格昂貴，難以商品化，所以尋找用于降解殼聚糖的非專一性酶極為重要。目前已知能降解殼聚糖的非專一性酶有三十多種，包括一些多糖酶、脂肪酶、蛋白酶、溶菌酶等，其中蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶和纖維素酶對殼聚糖的降解效果比較顯著。
除了在自然界中繼續篩選產酶活性較高的微生物菌種外，人們還利用基因工程手段，通過對產殼聚糖酶菌株的基因分析，運用分子方法克隆并高效表達所選菌株的殼聚糖酶基因，以實現重組菌的殼聚糖酶高效表達。但這方面的工作依然處于實驗室階段，沒有產業化方面的報道。
不同分子量的殼寡糖，其生理活性差異很大。因此，殼寡糖產品質量的評價指標，除了常規的一些指標，如水分、灰分、糖含量等外，還必須檢測產品的分子量。該指標包含了兩個含義：一是產品的平均分子量；二是產品中各聚合度寡糖的分布，即各聚合度寡糖的含量。通過該指標的檢測，控制產品中有生理活性的殼寡糖的含量。產品中各聚合度寡糖含量的檢測，常用的方法是高效液相色譜法或質譜法。